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La région fut habitée à l'époque de la pierre taillée comme ont pu en témoigner des silex façonnés trouvés dans des vignes.

L'origine du nom Charnay serait "Carnius",  patronyme d'un légionnaire romain propriétaire sur la colline d'une villa romaine au II° siècle.

Au MOYEN-AGE, Charnay était à l'écart des grands trafics et la vie y était tranquille. C'est à cette époque qu'on a défriché et qu'on a planté de la vigne. Bien évidemment, les paysans se nourrissaient de céréales et de la viande des animaux domestiques et sauvages.

17° siècle : En 1623 et 1624, les habitants ont subi deux années de sécheresse terrible : "En ce lieu, l'eau était plus rare que le vin." En 1628, une épidémie de peste d'une durée d'environ un an et demi y est signalée. Le froid du mois de janvier 1694 fit 13 morts. Les membres de la   famille Du Lieu, co-seigneurs du village, entreprennent la construction du Château "La Mansarde".

18° siècle : On cultivait le ver à soie mais la vigne restait la principale activité agricole du village. Au milieu de ce siècle l'on compta plus de 800 habitants, comme aujourd'hui. A cette époque, des pluies diluviennes dévastèrent certains hameaux du village.

19° siècle : La viticulture fut ruinée par une épidémie du phylloxera et vers 1860, le village passe de 820 à 450 habitants. C'est à la fin de ce siècle que l'on réalisa des travaux d'aménagement du village tels que les premiers égouts, les adductions d'eau et la construction de lavoirs...

20° siècle : La guerre de 14-18 fait de nombreux morts parmi la jeunesse de Charnay comme en témoigne le monument aux morts. Une dizaine d'hommes sont faits prisonniers en 1940. En 1944, deux habitants du village appartenant à la résistance sont fusillés à Anse.